好氧膜生物反應器一般用于城市和工業的處理，好氧MBR用于城市污水處理通常是為了使出水達到回用的目的，而用于處理工業的主要為了去除一些特別的污染物，如油脂類污染物。

　　厭氧膜生物發生器中，通過膜的高效截留，不僅解決了厭氧污泥容易從膜生物反應器流失導致出水水質降低的問題，同時膜分離的作用還體現在對厭氧反應器的構造與處理效果的強化方面。

　　以UASB與膜單元相結合為例，厭氧膜生物反應器不再需要設計的三相分離器來實現固液氣的分離;而對于兩相厭氧MBR，由于膜分離的作用使產酸反應氣中的產酸菌濃度增加，提高了水解發酵能力，同時膜將大分子有機物截留在產酸反應器中使水解發酵，因此保持較高的酸化率。

　　厭氧膜生物反應器廠用于高濃度有機分水的處理效果，由于膜生物反應器缺少曝氣，為了使厭氧污泥處于懸浮狀態，處理高濃度有機的厭氧膜生物反應器均采用分體式。